Особенностью испанского абсолютизма был его теснейший союз с католической церковью. Ни в одной из стран Европы не достигла церковь подобного могущества. Религиозная терпимость, которая наглядно проявлялась в научном и творческом сотрудничестве христиан и иноверцев, уступила место жестоким формам католического гнета.
Именно на рубеже XV-XVI веков, в эпоху грядущего подъема Испании до уровня крупнейшей державы мира и развития новой ренессансной культуры, испанский абсолютизм в союзе с церковью начал распространять свою власть над страной, а затем и далеко за океан, неся с собой насилие и разорение.
Начало деятельности инквизиции как особого церковного суда католической церкви для борьбы с ересями положено папой Иннокентием III (понтификат 1198-1216 гг.); она действовала почти во всех католических странах с XIII по XIX вв. Верховным главой инквизиции являлся папа римский. В 1480 г. король Фердинанд Кастильский учредил Новую инквизицию во главе с доминиканцем Томасом Торквемадой.
В испанском языке появилось новое слово «мориски» — так назывались крещеные мавры; мавры и евреи, которые отказывались принять христианство, вынуждены были покинуть страну. Однако и обращенные подвергались непрестанным преследованиям, на борьбу с ними в первую очередь была нацелена деятельность испанской инквизиции. Первое публичное аутодафе состоялось только 6 февраля 1481 года в Севилье, на пороге XVI века и на фоне эпохи Возрождения, и этому мрачному акту в Испании предшествовали многовековое развитие средневекового общества и народной культурной традиции.
Следствие инквизиции держалось на трех основных китах: розыске, доносах и сыске. Инквизиторы совершали постоянные объезды вверенного их опеке участков. Приезжая в населенный пункт, он объявлял «срок милосердия», в течение которого все окрестные еретики повиниться перед лицом инквизиции, по окончании этого срока инквизитор начинал розыск. Если имелись покаявшиеся еретики, то он заставлял их выдать своих бывших единоверцев. В противном случае все местные жители должны были под присягой указать подозрительных или еретиков. Почти с первых же шагов инквизиция начала применять пытки - физические и нравственные. Единственным шансом заключалось в полном признании и раскаянии на первом же допросе. Если же человек упорно настаивал на своей невиновности, то его как закоренелого еретика выдавали в руки светской власти.
Инквизиция накладывала обычно три вида наказания: епитимья (наиболее распространенные - пожизненное ношении креста, паломничество по святым местам, пожертвование крупной суммы на благие дела), тюремное заключение в суровых условиях и передача в руки светской власти, что означало сожжение заживо. Уже умершего еретика могли приговорить к сожжению. Это подразумевало под собой изъятие останков из могилы с последующим сожжением и конфискация имущества.
Всего в Мадриде с 1481 по 1808 г. взошли на костер 31 912 человек и почти 300 000 понесли тяжелые наказания. За первые 18 лет по ее приговору были заживо сожжены 10 220 человек. Последний акт сожжения на костре имел место в Испании в 1826 году.
Контроль церкви сдерживал развитие светских видов искусства. Однако на рубеже XV-XVI веков в испанской культуре произошел важный качественный перелом. Новые идеи и формы охватили все области искусства — архитектуру, скульптуру, живопись и прикладное искусство. Художественный процесс приобрел черты большей целостности.