Мечеть оставалась все же настолько прекрасной, что христиане, овладевшие городом, не решились ее разрушить, подобно тому как были разрушены мечети Севильи, Толедо, Гранады, Малаги, Альмерии и множества других андалусских городов и селений. Не только жители Кордовы, ежегодно собиравшие средства на ремонтные работы в мечети, гордились этим сооружением. На первых порах христианский мир испытывал своеобразное чувство восхищения столь уникальным памятником. То, что мечеть в Кордове по убранству и величию превосходит все мечети арабов, отмечал в XIII веке толедский архиепископ Родриго Химепес де Рада, издающийся испанский историк.
Мечеть была освящена как собор Вознесения Богоматери и стала местом отправления христианского служения. Но уже в XIII веке были заложены аркады, соединявшие колонный зал с внутренним двором, и знатные мордовские семьи стали возводить вдоль внутренних стен отдельные капеллы. Наконец, в 1523 году соборный капитул решил воздвигнуть в самой мечети католическое святилище. Городские власти, выражая чувства населения Кордовы, безуспешно взывали к авторитету королевской власти, но Карл V дал согласие на строительство. Во главе его был поставлен архитектор Эрнан Руие Старший. Проекты дальнейших перестроек мечети выдвигались и в XVII веке, но они не могли осуществиться в силу ряда обстоятельств, одним из которых был обострившийся экономический упадок Испании.
Апельсиновый двор выглядит далеко не так как в первоначальном замысле, вместо минарета — тяжеловесная пятиэтажная колокольня (1593-1664 гг.). Слева — большой водоем эпохи барокко, вся северная галерея перестроена под здание церковного капитула, впереди — глухая стена замурованных девятнадцати подковообразных арочных входов. В колонном зале то там, то тут вылезают капеллы, картины, статуи, нелепые пилоны, готические своды сменили деревянные потолки. Внутри мечети расположился целый кафедральный собор.Здесь можно найти немало интересных произведений испанских мастеров, по несовместимость так бросается в глаза, что поразила даже императора Карла V Будучи в 1525 году проездом в Кордове, он остался крайне недоволен и якобы сказал, что, если бы видел здание мечети раньше, никогда не согласился бы на его изменение: «Вы построили то, что можно найти повсюду в другом месте, и разрушили то, что было единственным в мире».
В соборе и поныне совершают богослужения, а в капеллах крестят, венчают и хоронят знатных кордовцев. Выдающиеся представители испанской культуры нашли здесь свой последний приют. В капелле Св. Варфоломея погребен поэт Луис де Гонгора.
Но древняя мечеть, подобно грандиозному макрокосму, поглотила и христианский собор, и многочисленные облепившие ее капеллы. Здесь вступаешь в особый мир, атмосфера которого требует длительного созерцания, одиночества и тишины.
В эпоху утверждения мировых религий и их идеологического воздействия на широкие народные массы чрезвычайно возросла идея храма. В условиях замкнутого быта средневековых городов возросла и роль храма как главного общественного центра, массового, всеобщего выражения городской культуры, средоточия основных ведущих форм художественного творчества, наиболее полно воплощавших дух времени. Не случайно средневековые соборы в старых городах Европы были не только знаменитыми «каменными кладовыми» бесценных накапливаемых столетиями художественных сокровищ, но и своеобразными аккумуляторами творческой энергии породившего их феодального общества, школой мастерства и главным «поставщиком» тех эстетических принципов и идеалов, которые получали затем распространение в других сферах творчества. Сходные особенности отличали и мусульманские храмы — центры политической, общественной и культурной жизни городов.
Соборная мечеть в Кордове — не только знаменитый памятник мирового зодчества, это мощный очаг андалусского искусства, в котором высокого расцвета достигла новая художественная концепция.